Чаще всего возбудителями цистита становятся кишечная палочка, протей и микробы рода клебсиелла. При воспалении слизистой мочевого пузыря, развившемся после инструментальных вмешательств, операций, катетеризации мочевого пузыря, его возбудителями являются грамотрицательные микроорганизмы.

Заболевание значительно чаще встречается у женщин, что обусловлено особенностями анатомического строения: инфекции легче проникают в мочевой пузырь восходящим путем по мочеиспускательному каналу. Кроме того, более частому развитию воспаления способствуют такие особенности анатомического строения, как короткая уретра, близкое расположение влагалища и ануса к наружному отверстию мочеиспускательного канала. У мужчин цистит развивается при воспалительных процессах в предстательной железе, семенных пузырьках, придатках яичка, мочеиспускательном канале. Также как и у женщин, у мужчин инфицирование мочевого пузыря может произойти после инструментальных урологических обследований.

Помимо восходящего и непосредственного пути инфекция может проникнуть в организм нисходящим путем (при воспалительном процессе в почках - хроническом пиелонефрите, пионефрозе), лимфогенным (при воспалительных процессах в соседних тазовых органах -эндометрите, параметрите), гематогенным (из отдаленных очагов).

Слизистая оболочка мочевого пузыря обладает достаточной устойчивостью к инфекциям, поэтому для развития острого цистита недостаточно лишь попадания возбудителя заболевания в мочевой пузырь. Существует ряд факторов, катализирующих его развитие: нарушение кровообращения в стенке мочевого пузыря и малом тазе, нарушение опорожнения мочевого пузыря, вирусные инфекции организма и снижение его сопротивляемости (гиповитаминоз, переохлаждение, переутомление и др.), неблагоприятное воздействие на мочевой пузырь химических веществ и ядов и т.д. Развитию хронической формы заболевания способствуют переохлаждение, активизация половой жизни, прием острой пищи, искусственное сдерживание мочеиспускания.